Florian Carl studierte Musikwissenschaft, Afrikanistik und Ethnologie an der Universität zu Köln und der University of Chicago. Von 2004 bis 2007 war er Wissenschaftlicher Mitarbeiter an der Hochschule für Musik und Theater Hannover, wo er 2007 mit einer Studie zur Migration westafrikanischer Musiker*innen nach Deutschland promovierte. Nach seiner Promotion unterrichtete er ab 2009 an der University of Cape Coast in Ghana und leitete dort von 2014 bis 2019 das Department of Music and Dance.
Ein Forschungsstipendium der Alexander von Humboldt-Stiftung führte ihn 2021 zurück nach Deutschland. Von 2023 bis 2025 vertrat er die Professur für Musikethnologie am Musikwissenschaftlichen Institut der Universität zu Köln. Zum April 2025 wurde er als Professor für Musikethnologie an die Folkwang Universität der Künste berufen.
Seine Forschungsschwerpunkte umfassen Musik und Migration, populäre Musik in Ghana sowie Musik in der Kolonial- und Missionsgeschichte Westafrikas.